Cuenta la leyenda que Medusa era una mujer mortal y hermosa. Tanta era su belleza que Poseidón, dios del mar, queda prendado de ella y no descansa hasta conseguir satisfacer su deseo. Poseidón viola a la muchacha en el templo de Atenea, diosa de la pureza y castidad.
La ira de Atenea fue tan grande que su reacción inmediata fue la de castigar a Medusa. La convirtió en un ser igual que sus dos hermanas Esteno y Euríale, dos gorgonas; monstruos con manos metálicas, colmillos afilados y unos ojos que emitían luz y quien los miraba directamente quedaba petrificado, convertido en piedra. Atenea además, se vio celosa de la hermosa cabellera que tenía Medusa y convirtió sus cabellos en serpientes.
De aquella violación, Medusa quedó embarazada, por lo que Atenea, ordenó a Perseo que la matara. En su misión, Perseo tuvo que usar las sandalias aladas que Hermes le dio, el casco de invisibilidad de Hades, una espada y un escudo espejado.
El héroe encontró la cueva donde vivían Medusa y sus hermanas. Esperó a que Medusa se durmiera en su guarida y volando con sus sandalias, logró ubicarse por encima sin mirarla directamente, sólo observando el reflejo de su escudo. Su mano iba siendo guiada por Atenea y así cortó su cabeza en un solo acto.
Del cuello de Medusa salieron sus hijos, fruto de la violación de Poseidón: el caballo Pegaso, en el que Perseo pudo escapar de las hermanas de Medusa, y el gigante Crisaor.